La temperatura massima a Choquequirao è in media 18°C durante l'anno, con valori generalmente compresi tra 16°C a luglio e 19°C a novembre. Le precipitazioni sono piuttosto abbondanti, con circa 1 559 mm all'anno. Vanno da 17 mm a giugno a 274 mm a febbraio.
Il clima è adatto per un viaggio a Choquequirao in: gennaio, febbraio, marzo, aprile, settembre, ottobre, novembre e dicembre.
Per l'escursionismo e il trekking, i mesi migliori sono aprile, maggio, giugno, luglio e agosto.
Per quanto riguarda l'affluenza, i periodi più tranquilli sono in giugno, mentre l'affluenza è elevata in aprile, maggio, ottobre, novembre, luglio, agosto, settembre e dicembre.