La temperatura massima a Parque Nacional del Manu è in media 31°C durante l'anno, con valori generalmente compresi tra 28°C a febbraio e 34°C a settembre. Il clima è molto piovoso, con circa 2 987 mm di precipitazioni all'anno. Il minimo mensile è di 61 mm a luglio e il massimo raggiunge 506 mm a febbraio.
Il clima è piacevole per soggiornare a Parque Nacional del Manu in: maggio, giugno, luglio, agosto e settembre. Tuttavia, il periodo in cui il tempo è davvero ideale è luglio.
Per l'escursionismo e il trekking, i mesi migliori sono aprile, maggio, giugno, luglio e agosto.
Per quanto riguarda l'affluenza, i periodi più tranquilli sono in marzo, mentre l'affluenza è elevata in maggio, agosto, settembre, ottobre, novembre, dicembre e luglio.